Energocom a fost fondată în baza Hotărârii Guvernului Republicii Moldova nr. 1467 din 30 decembrie 2004, „în scopul asigurării funcționării eficiente şi transparente a pieţei energiei electrice interne, promovării exporturilor de energie·electrică, sporirii atractivităţii investiţionale a obiectelor·sectorului electroenergetic”.
În 2005 întreprinderea de stat Energocom a fost reorganizată în societate pe acțiuni.

La 1 iulie 2014, SA Energocom a obținut licență pentru genul de activitate furnizarea gazelor naturale la tarife nereglementate. În baza acestei decizii, societatea pe acțiuni gestionează contracte de import a gazelor naturale pentru necesităţile pieţei interne și încheie contracte directe din surse de import.

Prin Hotărârea Guvernului nr. 885 din 01.11.2017, SA Energocom a fost desemnată în calitate de furnizor central de energie electrică, fiind responsabilă de grupul de echilibrare constituit din termocentrale și de producători de energie regenerabilă cu statut de producător eligibil.

În octombrie 2021, prin dispoziția nr. 1 a Comisiei pentru Situații Excepționale (CSE), SA Energocom a achiziționat pentru prima dată gaze naturale non-rusești, urmare a reducerii presiunii gazelor livrate de către Gazprom.

În octombrie 2022, compania a deschis o sucursală în România și a obținut licențe de trading în energia electrică și gaze naturale de la ANRE România.